ChIP-seq技术分析突变IHH-GLI1信号传导通路对下游转录调控的影响

作者：王挺; 沈陆; 魏慕筠; 周伟; 李沫; 贺林; 秦胜营^*

来源：湖南师范大学自然科学学报, 2020, 43(06): 27-35.

DOI：10.7612/j.issn.2096-5281.2020.06.005

• A1型短指症
• 印度刺猬因子(IHH)
• GLI1
• ChIP-seq
• 靶基因

为发现IHH/GLI1突变导致的下游转录调控的变化,在小鼠间充质干细胞C3H10T1/2中加入人野生型重组IHH-N蛋白(WT)和突变型蛋白(MT, p.E95K)以激活IHH信号通路,利用染色体免疫沉淀高通量测序(ChIP-seq)技术挖掘GLI1转录因子结合靶点,并对其进行基因功能注释和KEGG通路分析,再结合前期基因芯片数据进行联合分析。利用ChIP-seq生物信息学分析发现两组间465个不同的GLI1结合靶点,基因注释和KEGG通路分析的结果主要富集于Wnt、刺猬因子(HH)、胰岛素等参与调控长板软骨发育的关键信号通路。联合分析发现了两个数据集中19个共同的候选基因。本研究精确定位了IHH信号蛋白突变导致的GLI1结合靶点差异,为进一步探索由IHH信号介导的BDA1的发病机制和治疗靶点提供理论基础。

• 单位
  上海交通大学; 生命科学技术学院