特应性皮炎差异表达基因的生物信息学分析

作者：汤柳; 宋伟; 李丹; 吴杰

来源：中国皮肤性病学杂志, 2022, 36(10): 1118-1125.

DOI：10.13735/j.cjdv.1001-7089.202203014

• 特应性皮炎
• 生物信息学
• 差异表达基因
• 富集分析
• 发病机制

目的 运用生物信息学方法筛选特应性皮炎(atopic dermatitis)的差异表达基因(DEGs),明确其功能并探讨AD的发病机制。方法 从GEO数据库中获取GSE120721、GSE16161、GSE6012与GSE329244基因芯片数据集，以“Adjust P<0.05,|log2FC|>1”为条件筛选出各个数据集中AD皮损组织与正常人皮肤组织的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),并通过合并去重获得共表达的DEGs。通过STRING 11.0在线工具以及Cytoscape 3.9.0软件构建共表达DEGs的蛋白互作(PPI)网络筛选关键基因，并对DEGs进行GO功能注释与KEGG通路富集分析。结果 共筛选出75个共表达的DEGs; PPI网络分析获得GZMB、MMP12、ISG15、CCR7、CCNB1、MKI67、IRF7、BIRC3、CLEC7A、S100A9、CCL22、BIRC5、S100A7、SERPINB4等14个关键基因；GO富集结果表明共表达的DEGs主要参与炎症反应、防御反应、免疫反应等生物进程；KEGG通路分析筛选出显著富集的IL-17信号通路，且富集在该通路上的DEGs为S100A8、S100A7、S100A9、DEFB4A、FOSL1和MMP1,其中S100A7、S100A9属于枢纽基因。结论 IL-17信号通路和枢纽基因S100A7、S100A9可能是AD发病机制中可进行干预的新靶点。

• 单位
  武汉大学人民医院