协同创新是集群供应链企业研发新技术和进行产品升级的重要手段。但是协同创新存在风险,集群供应链中配套企业与核心企业由于在风险承受能力方面的差异,使他们在面对相同创新风险时所承担的实际风险却不相同。针对该问题,本文构建了配套企业与核心企业的协同创新模型,设计了基于相对风险分担的收益分配机制,并与现有分配方式进行比较。研究发现:基于相对风险分担的分配机制能够增强企业双方参与协同创新的意愿,并且使企业所获收益与所承担的风险更加匹配,达到激励配套企业积极投入的目的。