氨基酸描述子VHSEH用于多肽定量序效建模研究

作者：杨善彬; 夏之宁; 舒茂; 梅虎; 吕凤林; 张梅; 吴玉乾; 李志良

来源：高等学校化学学报, 2008, (11): 2213-2217.

• 氨基酸描述子(VHSEH)
• 肽
• 定量序效建模(QSAM)
• 偏最小二乘法

从20种天然氨基酸的171个物化性质出发,按照疏水、立体和电性特征及氢键贡献将其分类后,分别进行主成分分析,得到一个新描述子VHSEH(Principal component score vector of hydrophobic,steric,electronic properties and,hydrogen bonds contributions).对后叶催产素的结构进行了表征,并以偏最小二乘法及D-优化划分样本建立了PLS定量序效关系模型,得到复相关系数R2分别为0.958和0.957,Q2分别为0.903和0.845,约高于VHSE描述子模型值;对抗菌肽进行了结构表征,建立了PLS和OSC-PLS模型,其R2分别为0.84和0.995,Q2分别为0.546和0.926,较SZOTT描述子结果好;对58个血管紧张素转化酶抑制剂进行QSAM研究,得到R2,Q2及RMS分别为0.877,0.838和0.361.研究结果表明,VHSEH描述子信息量大,物化意义明确,结果更易解释.

• 单位
  宜宾学院; 中国人民解放军陆军军医大学