黄秆乌哺鸡竹转录组EST-SSR分子标记开发与应用

作者：娄永峰; 甘然; 朱成磊; 肖复明; 高志民

来源：植物科学学报, 2022, 40(03): 355-364.

DOI：10.11913/PSJ.2095-0837.2022.30355

• 黄秆乌哺鸡竹
• 转录组
• EST-SSR标记
• 通用性

基于黄秆乌哺鸡竹(Phyllostachys vivax McClure f.aureocaulis N. X. Ma)转录组数据，利用生物信息学方法分析其SSR位点分布特征，同时针对“黄秆”和“绿秆”两种类型差异表达基因序列中的SSR位点设计引物，并利用刚竹属(Phyllostachys)材料验证其通用性。结果显示，从黄秆乌哺鸡竹89 874个Unigenes序列中，共鉴定出12 651个SSR位点，分布频率为14.07%;其中单核苷酸重复基序最多(51.02%)、其次为3核苷酸(25.61%)和2核苷酸(21.94%);共发现80种重复基序，其中出现频率最高的为A/T(46.60%),其次是AG/CT(13.97%)和CCG/CGG(9.90%)。在设计的51对引物中，44对(86.27%)能有效扩增，在刚竹属材料中平均通用性为92.41%,其中39对具有多态性，多态性EST-SSR标记能区分同属的不同种，但不能有效区分种内种质资源。

• 单位
  江西省林业科学院; 国际竹藤中心; 江西省植物生物技术重点实验室