为解决传统r连续位匹配算法无法充分反映匹配程度导致误检率和漏检率较高的问题,在深入分析传统r连续位匹配算法的基础上,提出一种基于权重的基因块匹配算法。根据字符串中不同字符段的实际意义对其进行分块并根据重要程度分配相应权重。采用先块内匹配,再字符串匹配的双层匹配算法,能够反映实际匹配程度。仿真结果表明,该算法能够在算法复杂度没有太大增加的前提下,有效提高检测率,降低误检率。