事实与价值的辩证统一是马克思政治经济学研究方法的内在线索。两者的辩证统一主要体现在如下方面:一是将对资本主义异化劳动的事实判断与价值判断融合在一起,摒弃了事实与价值二元分立的观点;二是预设了"人的劳动理应是自由自主的活动"等价值判断来批判资本主义生产方式;三是将价值诉求植入唯物史观与剩余价值理论当中,揭示了改变现实世界的价值目标。阐明此种方法,有助于厘清将马克思研究方法视为纯粹从价值判断出发进行逻辑演绎的理路,也有助于反思认为马克思政治经济学仅是"价值中立"事实判断的观点。