多学科交叉培养已经成为高校提高人才培养质量、带动跨学科研究、应对未来社会挑战的重要手段。从实践来看,多学科交叉培养可分为项目依托、机构依附和学科依赖三种模式,但都不同程度面临顶层动力设计偏差、院系阻断优质资源流动、培养过程与出入口不符、考核评价背离实际等现实问题。为有效化解多学科交叉培养研究生的功利性困境,本文提出重构培养机制的主要思路,包括在统筹管理、学生出入口设计、培养过程管理、支撑保障等方面进行系统设计。