非吸烟女性肺癌潜在相关基因的生物信息学分析及功能预测撤回

作者：邢益桓; 付斌^*; 郑永先; 刘玉仁; 陈平雄; 张杰

来源：中国肿瘤生物治疗杂志, 2020, 27(07): 801-806.

• 非吸烟
• 女性
• 肺癌
• 生物信息学分析
• 差异表达基因

目的:对非吸烟女性肺癌潜在相关基因进行生物信息学分析及功能预测,探讨非吸烟女性肺癌患者的发病机制及预后标志物。方法:选择从GEO数据库下载非吸烟女性肺癌患者的基因芯片并用GEO2R软件筛选出差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),再利用STRING在线分析软件对DEG进行GO和KEGG分析以及蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络分析,然后利用插件(M-CODE)对所有DEG进行可视化处理,筛选关键DEG,最后利用GEPIA及Kaplan-Meier plotter在线工具对关键DEG进行功能预测及预后分析。结果:共筛选出160个DEG,其中上调54个、下调106个;GO分析其生物学功能主要与血管形成、单个生物细胞间黏附、GTPase活性正调控和信号转导密切相关(均P<0.05)。KEGG分析发现,可能主要与细胞黏附分子、白细胞迁移、紧密连接和胞吞作用相关(均P<0.05)。PPI网络分析获得8个关键DEG,分别是TIE1、PECAM1、VEGFD、ICAM2、ESAM、EMCN、ROBO4和CLDN5。结论:TIE1、CLDN5、ICAM2、ESAM、VEGFD、ROBO4可能是非吸烟女性肺癌发病机制的研究靶点,PECAM1、EMCN可能是预测非吸烟女性肺癌患者病情进展及预后的标志物。

• 单位
  中南大学湘雅医学院