本发明公开了一种基于串行中继自由空间光通信系统的自适应协议选择方法,包括:构建基于放大转发协议的串行中继自由空间光通信系统的模型,分别得到基于放大转发协议的接收端信噪比、功率限制条件下接收端信噪比、基于信道信息放大转发协议的接收端信噪比、固定增益条件下的接收端信噪比和基于信道信息放大转发协议的系统平均误码率ABER;构建自适应协议选择方法。与现有的基于串行中继的自由空间光通信系统性能相比,本方法能在保证系统平均误码率性能要求的同时降低系统的复杂度。