肺鳞癌潜在关键基因的生物信息学分析

作者：游路宽; 郑轩; 胡毅^*

来源：解放军医学院学报, 2018, 39(10): 903-918.

• 肺鳞癌
• 生物信息学
• 基因芯片
• 差异表达基因

目的初步探索肺鳞癌发生发展相关差异表达基因,筛选肺鳞癌治疗潜在药物靶点。方法从公共基因表达数据库(GEO)下载肺鳞癌相关芯片数据,利用R语言Limma程序包筛选差异表达基因,对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析、蛋白相互作用网络分析及网络关键基因生存分析。结果筛选出共有差异表达基因628个,其中上调基因263个,下调基因365个。对共有差异基因进行生物信息学相关分析,发现细胞周期、p53信号通路、ECM分子相关作用、DNA错配修复、PPAR信号通路、细胞黏附分子等信号通路与肺鳞癌发生发展有关。同时筛选出了MAD2L1、CCNB1、DLGAP5、CDC20、TOP2A、MELK、BUB1B、CCNA2、CDK1、CCNB2 10个关键基因,这些关键基因在肺鳞癌组织中全部表达上调且与患者预后相关。结论筛选出的差异基因和信号通路有助于加深对肺鳞癌发病分子机制的理解,同时为临床靶向治疗的研究提供一定的理论依据。

• 单位
  解放军总医院