利福平对耻垢分枝杆菌基因的调控

作者：刘通; 杨丽; 陈赢; 唐静; 林源; 马国荣; 杨延辉

来源：宁夏医科大学学报, 2021, 43(05): 461-468.

DOI：10.16050/j.cnki.issn1674-6309.2021.05.005

• 利福平
• 耻垢分枝杆菌
• 转录组
• 差异基因
• 结核病
• 耐药性

目的探讨利福平（RIF）对耻垢分枝杆菌（MS MC2155）转录组表达的影响。方法以RIF的1/2最小抑菌浓度（MIC）处理的MS MC2155菌株为实验组,用相同稀释倍数的DMSO处理MS MC2155菌株作为对照组,于摇床内37℃培养72 h后,用Trizol试剂提取各组MS MC2155的总RNA,通过Illumina Hiseq 3000测序平台进行全转录组测序,采用Bowtie 2软件比对测序结果,用MS MC2155标准菌株的参考基因组对样本基因进行注释,通过倍数差异分析,筛选获得RIF作用前后的差异基因（different expression gene,DEG）,最后用GO及KEGG数据库注释上述获得的DEGs。结果 DEG分析显示,在RIF处理后发现了832个DEGs（P≤0.05,|log2FC|≥1）,其中457个基因上调（54.93%）,375个基因下调（45.07%）。GO富集分析结果显示,DEGs（nuoF、nuoB和sigM）主要涉及氧化还原酶活性、呼吸链复合物等细胞与分子方面的功能,以及外来生物刺激、共生体调节等生物学过程。KEGG富集分析显示,DEGs（cspA、sigM、nrdB、gmk、nuoF、nuoB和mysB）主要集中在万古霉素耐药、氧化磷酸化、核苷酸代谢和酪氨酸代谢等通路。STRING分析结果显示,共有371个基因编码的蛋白质存在相互作用,其中处于中心节点的蛋白的基因包括mysB、pheT和guaB。结论经转录组测序发现,RIF既能影响MS MC2155中sigM、mysB等RNA合成基因的表达;又能抑制其nrdB、gmk和guaB DNA合成基因的表达,进而阻断其DNA和蛋白的合成。

• 单位
  基础医学院; 宁夏医科大学