基于白掌株型突变转录组差异的SSR位点分析

作者：周辉明; 林辉锋^*; 曹奕鸯; 甘玮欣; 林发壮; 陈昌铭; 张政斌

来源：分子植物育种, 2023, 21(16): 5365-5377.

DOI：10.13271/j.mpb.021.005365

• 白掌
• 转录组差异
• 基因注释
• SSR

为了解白掌株型突变的转录组序列功能和SSR位点分布特征，并探索与株型关联的SSR位点信息。以对照‘美酒’及其小株型突变体为材料，选取叶片、叶柄、佛焰苞片、苞梗组织进行高通量PE150的转录组测序和序列筛选；开展unigene的GO、KOG、KEGG功能注释及分类；开展SSR位点筛选及批量设计引物；发掘差异表达含SSR位点unigene的GO、KEGG富集功能信息。结果显示，白掌转录组共筛选127 153个unigene，其中有41 370个获注释，包含GO注释25 925个、KO注释12 727个、KOG注释21 487个；从18 636个unigene中发掘出28 046个SSR位点，出现频率22.06%，包含有193种重复基序，其中以二核苷酸AG/CT(14 305, 51.01%)、AC/GT (3 907, 13.93%)、AT/AT (2 322, 8.28%)和三核苷酸AAG/CTT (2 087, 7.44%)居多，基序重复次数以5～10次重复占优势；从18 636个unigene中筛选17 070个批量设计出51 210对SSR引物，有效扩增和多态性好。差异转录组结合SSR位点信息显示，在与株型相关的4个组织中共获得1 578个差异表达的unigene，其中有552个具SSR位点，占总SSR 2.96%、差异基因中的SSR 34.98%。KEGG富集分析筛选了26个含SSR位点的显著性差异unigene参与植物激素信号传导，脂肪酸延长，角质、琥珀和蜡的生物合成，甘露糖型O-聚糖的生物合成，苯丙素的生物合成，二萜生物合成等6个代谢途径。本研究为白掌株型变化的分子机制研究提供理论依据。

• 单位
  三明市农业科学研究院