中国南瓜转录组SSR信息分析及其分子标记开发

作者：朱海生; 王彬; 叶新如; 刘建汀; 李永平; 陈敏氡; 林珲; 温庆放^*

来源：中国细胞生物学学报, 2019, 41(03): 468-475.

• 中国南瓜
• 转录组
• SSR
• 多态性

该文对中国南瓜(Cucurbita moschata Duch)开展转录组测序分析,共获得61 882条Unigene,利用MISA软件搜索1 Kb以上的12 526条Unigene,共检测出5 407个SSR位点,分布于4 348条Unigene中,出现频率为43.17%,平均分布距离为4.76 Kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR的47.92%、24.45%和19.66%。二核苷酸重复基序中以GA/TC为优势重复基序,三核苷酸重复基序以GAA/TTC为主。利用Primer 3.0共设计出6 489对SSR引物。从92对有效扩增引物中随机选择30对引物,对30个中国南瓜种质进行多态性验证分析,其中18对(占60%)引物表现稳定可重复的多态性。利用UPGMA作图,可将30份供试材料分为2类。利用中国南瓜转录组数据进行SSR标记开发能获得较高频率的SSR位点,且类型丰富,为中国南瓜遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更丰富可靠的标记选择。

• 单位
  福建省农业科学院