稻瘟病菌基因组中微卫星序列的频率和分布

作者：李成云; 李进斌; 周晓罡; 董爱荣; 许明辉

来源：中国水稻科学, 2004, (03): 87-91.

DOI：10.16819/j.1001-7216.2004.03.016

• 稻瘟病菌
• 基因组
• 微卫星序列
• 频率
• 分布
• 遗传标记 Magnaporthe grisea
• genome
• simple sequence repeat
• frequency
• distribution
• genetic marker

利用已经公布的稻瘟病菌基因组测序结果 ,对该植物病原真菌基因组中的微卫星 (SSR)的类型、大小及分布进行了系统分析。在已经公布的 37.89Mb的基因组序列中 ,共有 16 398个由 1～ 6个核苷酸为基序的SSR序列 (匹配值为80 % ) ,其总长度占整个基因组碱基数的 0 .87% ,平均 2 .31kb碱基中就分布有 1个大于 15bp的SSR。其中数量最多的是单碱基重复 ,达到 4 392个 ,其次为三碱基重复序列 (35 86个 ) ,五碱基重复序列 (344 2个 ) ,这 3种SSR总数达 114 2 0个 ,占SSR的 6 9.7%。数量最少的是二碱基重复序列 ,只有 6...

• 单位
  云南省农业科学院; 农业部; 植物保护研究所