癌症诊断芯片的癌-睾丸基因的寡核苷酸探针的设计

作者：刘丽; 丁洪; 刘丹; 陆群; Sophie Rousseaux; 吴芳

来源：四川大学学报（医学版）, 2009, 40(02): 330-333+336.

DOI：10.3969/j.issn.1672-173X.2009.02.035

• 癌-睾丸基因
• 寡核苷酸探针
• 探针设计
• 微阵列

目的设计用于专门进行肿瘤内睾丸特定基因——癌-睾丸(cancer-testis,CT)基因转录分析的微阵列的探针系列,以阐明CT基因在肿瘤发生过程中的作用并检测它们在肿瘤细胞或肿瘤样本中的表达。方法通过二个探针设计工具,IDT和MEDIANTE的结合使用,设计出CT基因的寡核苷酸探针。同时,应用"Oligonucleotide Properties Calculator寡核苷酸性质计算软件"和"OligoAnalyzer 3.0"检测探针的解链温度(Tm)、GC含量和可能形成的次级结构等特性。结果为CT基因家族的44个成员成功设计了113个50 mers左右的寡核苷酸探针。其Tm值分布在63.2℃~67.5℃之间,GC百分含量为35.3%~51.5%。结论结合IDT和MEDIANTE两个探针设计软件,能有效的进行CT基因寡核苷酸探针的设计。

• 单位
  四川大学; 西南交通大学; 生物工程学院