宏基因组学揭示二氟沙星对牦牛瘤胃微生态及CAZy谱影响

作者：赵佳琦; 文勇立^*; 安雅静; 艾鷖; 李子谦; 齐沛森; 李强; 何世明

来源：畜牧与兽医, 2019, 51(03): 62-69.

• 瘤胃微生物
• 抗生素
• 宏基因组
• 二氟沙星
• 牦牛

反刍动物瘤胃微生物结构和功能关系到生态系统正常的物质循环、能量流动。为了探讨抗生素对瘤胃微生态的影响,揭示抗生素对反刍动物瘤胃微生物影响的规律,以牦牛为研究对象,进行二氟沙星(DIF)处理,采集瘤胃液,提取DNA,采用宏基因组学方法分析DIF对瘤胃微生物组成及碳水化合物酶类(CAZy)的影响。结果显示,拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)等相对丰度下降,而厚壁菌门(Firmicutes)、广古菌门(Euryarchaeota)等增加。普雷沃菌属(Prevotella)、拟杆菌属(Bacteroides)等相对丰度下降,而金黄杆菌属(Chryseobacterium)、链球菌属(Streptococcus)等增加;CAZy酶类中,CBM17、CBM25等丰度上调(P<0.01或P<0.05);GH53、CE8、CE13、CBM21、CBM26及对接蛋白(dockerin)等下调(P<0.01或P<0.05)。结论:DIF影响瘤胃微生物结构,并不同程度改变各优势门、属的相对丰度,抑制部分有益菌的作用;改变CAZy酶中部分家族基因丰度,影响瘤胃微生物对淀粉及果胶的降解作用,降低瘤胃微生物降解植物纤维素的效率。

• 单位
  西南民族大学