基于高原鼠兔简化基因组数据的微卫星引物开发

作者：贺玉姣; 胡万军; 都玉蓉; 王婷; 杜雷; 胡书立

来源：野生动物学报, 2021, 42(03): 730-736.

DOI：10.19711/j.cnki.issn2310-1490.2021.03.009

• 高原鼠兔
• 简化基因组测序
• 微卫星引物

高原鼠兔(Ochotona curzoniae)是青藏高原的关键种,对其分子标记的开发有助于高原鼠兔种群生态等问题的研究。基于简化基因组测序技术获得了高原鼠兔简化基因组序列信息,并开发了微卫星分子标记。结果表明:通过MISA软件分析共检测到7 064个SSR位点,其中单核苷酸和二核苷酸重复基序数量最多,各占46.15%和38.37%。四核苷酸重复基序的类型最多,达83种;其次是三核苷酸重复基序的类型,为50种。不同类型SSR位点基序的重复次数也不同。通过取SSR与InD el的交集,获得182处符合条件的SSR区域,并最终设计出90对引物。随机选择70对引物在8个高原鼠兔样本中进行验证,有42对引物具有单一条带,且多态性较好,占总检测引物的60%。研究表明,本方法在筛选高原鼠兔SSR标记中是可行的,所得引物可以应用于高原鼠兔遗传多样性、种群遗传分析等问题的研究中。

• 单位
  青海师范大学; 生命科学学院