1912年至1949年新疆和平解放之前,新疆地方政府与中央政府的关系复杂而多变,总体处于一种非正常状态。杨增新主政时期出现服从中央政府—“认庙不认神”—服从中央政府的变化;金树仁主政时期对中央政府既有博弈,也有调适;盛世才主政时期对中央政府由附和到博弈,再到投靠中央政府。国民党直接统治新疆时期,中央政府及其新疆当局未能实现对新疆的完全掌控,出现了与之对峙的三区政权。新疆和平解放后,中国共产党开始全面治理新疆,新疆地方政府与中央政府的关系亦走向正常化。