我国高校职能部门作为学校的参谋协调机构,享有学校决策的重要参与权,也是学校各项制度、政策的拟定者,并具有一定的资源配置权,虽然职能部门对学院没有直接的指挥权,但对学院具有重要的影响。因此,职能部门要深刻认识其决策结果对利益相关者的影响,在行使相关职权时要科学处理与学院的关系,尊重学院的主体地位,同时加强部门间的沟通与联动,增强决策的民主性和科学性,维护学生切身利益,创新组织文化并努力提高管理者自身的素质与能力。