基于50K SNP芯片技术对金华猪和嵊县花猪繁殖性状的全基因组关联分析

作者：蔡薇; 罗才玉; 项云; 章啸君; 徐宁迎; 郭晓令^*

来源：中国畜牧杂志, 2020, 56(07): 52-58.

DOI：10.19556/j.0258-7033.20190816-06

• 全基因组关联分析(GWAS)
• 繁殖性状
• 单核苷酸多态性(SNP)
• 金华猪
• 嵊县花猪

本实验旨在利用全基因组关联分析(GWAS)搜寻与金华猪、嵊县花猪总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)相关的候选基因。选择205头金华猪和174头嵊县花猪为实验材料,通过提取血样DNA并利用Illumina猪50K SNP芯片进行基因型分型,利用PLINK v1.09对获得的基因型数据进行质控后用于GWAS研究。采用GEMMA软件中的混合线性模型(MLM)对每个SNP与性状做关联分析,定位出显著位点。结果表明:金华猪的20个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著;嵊县花猪的2个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著;META分析得到21个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著。最终找到22个候选基因,根据基因功能注释推测NANOS1、E2F7、AEBP2是最可能影响总产仔数和产活仔数的候选基因。

• 单位
  动物科学学院; 浙江大学; 金华市农业科学研究院