肠道微生物群的变化与动物机体健康息息相关,肠道微生物群可调控动物机体内能量代谢、异源物质代谢,修复细胞和提高机体免疫机能。宏基因组学技术可用于检测动物肠道微生物群的动态变化。本文主要对宏基因组学研究的生物信息学技术和平台及宏基因组学在动物肠道微生物群中的应用进行综述,为后续开发肠道生态系统动态的全球模型及动物机体的靶向治疗提供理论基础。