电子基因表达谱分析平台的建立及其应用

作者：徐静; 吕炳建; 张昊; 陈俭; 朱益民; 谷雪梅; 来茂德

来源：浙江大学学报(工学版), 2006, 40(02): 186-191.

DOI：10.3785/j.issn.1008-973X.2006.02.002

• dbEST
• UniGene
• 结直肠
• 基因表达谱
• 生物信息学
• Perl5.0
• GetUni程序包

建立了利用美国国立生物技术信息中心(NCBI)序列表达标签(EST)数据库(dbEST)电子EST构建特定组织电子基因表达谱的生物信息学分析平台,并利用该平台构建了人正常结直肠组织电子基因表达谱.从dbEST获取人正常结直肠电子EST 20 370条,利用自行开发的GetUni程序包,与下载于本地的人类同一基因转录子(UniGene)数据库匹配,获得了含有4 196个非冗余基因的正常结直肠组织电子基因表达谱.经在线基因组分析工具(Webgestalt)证实,表达谱中97%的基因在结直肠组织中表达,除涉及细胞生长、发育、分化、凋亡等基因外,还包括人正常结直肠功能特异性基因;3%未得到Webgestalt证实的基因经手工回溯查找,确证其EST均来自人正常结直肠.GetUni程序包是一个高效准确的高通量电子EST数据分析平台,构建的人正常结直肠组织基因表达谱将为结直肠特异性标志物的筛选提供大量数据.

• 单位
  浙江大学