文冠果全长转录组测序及分析

作者：崔艺凡; 赵阳; 吴健; 陶永华; 李治强; 成博雅; 杜莎; 李浩楠; 张越; 毕泉鑫; 刘肖娟; 王利兵

来源：分子植物育种, 2021, 1-20.

• 文冠果
• 单分子实时测序
• SSR标记
• 全长转录组
• 基因组装

为了深入了解文冠果转录组的整体水平及脂肪酸合成与代谢相关功能基因的表达情况，本研究以文冠果根、茎、叶、花为材料利用Pacific Biosciences RS II平台测序技术进行测序及生物信息学相关分析。平台共获得原始数据7.64G，生成110 584个转录本，平均长度为1.9 kb。对所有转录本在NR、SwissProt、KEGG、KOG、GO、NT、pfam数据库进行注释和功能分类，结果共得到102 118个注释基因，占比92.34%。共有351个参与脂肪酸生物合成和120个参与脂肪酸延长的Unigene，分别编码15个脂肪酸生物合成和7个脂肪酸延长的关键酶。同时在110 584条Unigene中分析发现了94 906个SSR位点，单核苷酸重复频率最高（68.29%），并预测了6 059个转录因子（TFs）。与第二代测序（Roche 454 de novo）结果相比，PacBio平台所得到的转录本更长，转录本注释率也得到提高。为文冠果的下一步分子生物学研究提供了较为可靠的转录组数据。

• 单位
  中国林业科学研究院林业研究所