基于转录组测序的ITGAD基因InDel位点鉴定及其与山羊生长性状的关联性分析

作者：吴贤锋; 王金宝; 刘远; 池春梅; 黄勤楼; 李文杨^*

来源：农业生物技术学报, 2022, 30(09): 1763-1770.

• 山羊
• β2整合素αD (ITGAD)基因
• 插入缺失(InDel)
• 高分辨率熔解曲线(HRM)
• 生长性状

2整合素αD (β2 integrins αD, ITGAD)是一种异二聚体细胞表面受体的亚基，在调控脂肪新陈代谢和血糖平衡中发挥重要作用。为了加快山羊(Capra hircus)生长性状选育的遗传进展，为山羊生长性状的标记辅助选择(marker assisted selection, MAS)提供理论依据，本研究利用DNA池技术和高分辨率熔解曲线(high resolution melting, HRM)分析技术，检测了ITGAD基因在3个山羊品种(共355只)的插入/缺失(Insertion/Deletion, InDel)多态性，并分析其与山羊生长性状之间的关联效应。结果表明，检测到1个山羊ITGAD基因第15个内含子的新InDel位点(NC＿030832.1:g.15243＿15244 ins C)，其多态信息含量(PIC)为0.289～0.369，并且该位点在3个品种中都处于哈迪-温伯格平衡状态；在与生长性状的关联分析中，该位点与福清山羊的尻宽和简阳大耳羊的体高、体长和胸围均显著相关(P<0.05)，与简阳大耳羊的胸深、胸宽、管围、尻宽和管围指数极显著相关(P<0.01)，并且II基因型个体显著优于DD基因型。本研究发现ITGAD基因InDel位点与山羊生长性状有显著的关联效应，为山羊生产性状的分子遗传标记选择提供参考依据。

• 单位
  福建省农业科学院