基于加权基因共表达网络的子宫内膜癌关键基因筛选与预后分析

作者：韦仕洋; 封意兰; 郑满足; 潘春平; 李静玲; 赵仁峰^*

来源：微创医学, 2022, 17(05): 577-582.

• 子宫内膜癌
• 加权基因共表达网络分析
• 差异表达基因
• 生存分析

目的 基于加权基因共表达网络筛选影响子宫内膜癌发生发展的关键基因并分析其与预后的关系。方法 从美国国立生物技术信息中心基因表达综合数据库中下载包含子宫内膜癌组织和正常内膜组织样本数据集(GSE17025)的基因芯片表达数据。使用R 4.2.1软件中的Limma包筛选出差异表达基因，并利用WGCNA包构建基因共表达网络，获得相关模块及其基因集，然后利用Venn包对相关系数最大的模块基因和差异表达基因取交集。对交集基因进行基因本体论(GO)分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，并构建交集基因的蛋白-蛋白互作(PPI)网络，采用Cytoscape软件提取出关键基因，分析关键基因与子宫内膜癌预后的关系。结果 共筛选出差异表达基因2 165个，包含5个模块，其中红色模块(包括304个基因)与子宫内膜癌的相关度最高(r=-0.54,P<0.001),取二者交集获得137个基因。交集基因主要涉及细胞器分裂及核分化等生物学过程，且主要富集在同源重组、p53信号通路等信号通路中。PPI网络共筛选出7个关键基因，包括纺锤体样小头畸形相关蛋白基因(ASPM)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(BUB1)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶B(BUB1B)、细胞分裂周期20(CDC20)、驱动蛋白家族成员11(KIF11)、细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)和拓扑异构酶Ⅱα(TOPⅡα),其中6个基因(ASPM、BUB1、BUB1B、CDC20、 KIF11和TOPⅡα)的高表达与预后较差有关。结论 ASPM、BUB1、BUB1B、CDC20、KIF11、CDK1和TOPⅡα可能是影响子宫内膜癌发生发展的关键基因，其中ASPM、BUB1、BUB1B、CDC20、 KIF11和TOPⅡα基因的高表达与预后较差有关。

• 单位
  广西壮族自治区人民医院