广州地区丙型肝炎病毒主要基因型E1蛋白胞外域序列分析

作者：杜荣松; 许茹; 黄杰庭; 王敏; 廖峭; 单振刚; 戎霞; 王淏; 郑优荣; 付涌水^*

来源：中国病原生物学杂志, 2020, 15(11): 1241-1256.

DOI：10.13350/j.cjpb.201101

• 丙型肝炎病毒
• 基因型
• 突变
• 疫苗

目的了解广州地区丙型肝炎病毒(HCV)主要流行基因型E1蛋白胞外域氨基酸序列突变特征。方法采集2012-2018年380例广州地区HCV感染者血液标本,使用试剂盒提取HCV RNA,进行Core/E1区序列巢式PCR扩增和测序,采用Mega 7.0构建系统进化树进行基因分型,对广州地区流行的HCV主要基因型的E1胞外域部分序列进行氨基酸翻译和构建共有序列,利用生物信息软件、统计软件分析HCV E1胞外域氨基酸位点突变的分布特征、替换模式及与宿主免疫的关系。结果广州地区HCV主要流行基因型为1b和6a,分别占38.68%和41.84%;1b和6a基因型E1蛋白胞外域(aa 192-320)发生突变的氨基酸位点分别有62个(48.1%)和60个(46.5%),差异无统计学意义(χ2=2.04,P>0.05);突变主要发生在aa 192-260区段,1b型的高度突变位点(突变率≥20%)比较分散,6a型则集中在aa231-243区段;高度突变位点均处于免疫表位区,BLOSUM评分显示大部分突变位点氨基酸替换模式为保守性替换。结论 HCV基因型1b和6a蛋白E1胞外域的高度突变位点主要位于免疫表位区,大部分突变为保守性替换而且种类多样,可能与免疫压力有关。

• 单位
  南方医科大学; 广州血液中心