申克孢子丝菌SPDS基因的生物信息学分析及分子克隆

作者：袁立燕; 黄怀球; 张静; 冯佩英; 高文超; 李玉哲; 张晓辉; 黄丽林

来源：中山大学学报(医学科学版), 2013, 34(06): 948-953.

DOI：10.13471/j.cnki.j.sun.yat-sen.univ(med.sci).2013.0167

• 申克孢子丝菌
• 亚精胺合成酶
• 生物信息学
• 分子克隆

【目的】分析预测申克孢子丝菌cDNA中编号为Locus_168_Contig_1序列编码的基因及蛋白质结构、功能特征,并进行分子克隆。【方法】利用NCBI及Expasy网站提供的BLASTx、SignalIP、InterPro Scan等生物信息学软件分析其序列,判断其是否为全长编码序列、同源序列名称,并分析其结构、定位及功能等;将其中的全长编码区利用PCR方法进行扩增后克隆到pET-30a(+)载体,测序验证。【结果】该序列是亚精胺合成酶(SPDS)的同源基因,全长序列为1062 bp,包含完整的编码区190~1 062 bp,编码291个氨基酸,在GenBank中,其与粗糙脉孢菌的SPDS基因同源性最高,达88%。理化性质预测其编码蛋白疏水性高;无质体、线粒体等定位序列,不存在跨膜螺旋结构,为非分泌型蛋白。进化树分析结果显示与粗糙脉孢菌同源性最高;PCR扩增及测序结果证实目的基因成功克隆进入pET-30a(+)质粒。【结论】获得申克孢子丝菌SPDS的基因及蛋白结构、功能特点,构建了其重组表达质粒,将为进一步明确其在孢子丝菌病中的致病作用奠定理论基础。

• 单位
  中山大学孙逸仙纪念医院; 中山大学附属第三医院; 中山大学中山医学院