基于转录组数据的三峡库区消落带适生狗牙根SNPs和SSRs分析

作者：李彦杰; 贾洪沅; 李庆天; 白艺旋; 刘芸杉

来源：西南农业学报, 2020, 33(03): 524-528.

DOI：10.16213/j.cnki.scjas.2020.3.009

• 三峡库区消落带
• 狗牙根
• 转录组数据
• SNP标记
• SSR标记

【目的】SNPs和SSRs标记在功能基因的识别和定位等方面具有重要作用。【方法】利用GATK和MISA软件分别分析狗牙根转录组测序数据的SNPs和SSRs。【结果】基于转录组数据搜索到297 542个SNP位点,主要以转换型为主;搜索到分布于18 982条Unigene中的22 154个SSR位点,发生频率为12.89%,SSR位点主要以单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复为主,三者合计占比为94.99%,其中AG/CT和CCG/CGG分别在二核苷酸和三核苷酸重复中占比最高;基序长度在12～20 bp的SSRs数量最多,占比达78.52%。【结论】狗牙根转录组中的SNPs和SSRs位点具有数量多、类型丰富和多态性较好等特点,或可为后续遗传多样性分析、品质鉴定和抗性相关性状解析等提供参考。

• 单位
  重庆三峡学院