基于BSA-seq和RNA-seq挖掘水稻株高相关QTL

作者：吴元明; 林佳怡; 柳雨汐; 李丹婷; 张宗琼; 郑晓明; 逄洪波^*

来源：生物技术通报, 2023, 39(08): 173-184.

DOI：10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-0386

• 水稻
• 株高
• 定位
• BSA-seq
• RNA-seq

株高是影响水稻产量稳定性的重要因素之一，水稻株高相关QTL的定位及候选基因的挖掘，有助于深入了解株高分子调控机制，进而为培育理想株型的水稻品种奠定基础。以油占8号及广西野生稻为亲本构建的285个CSSL群体为试验对象，结合NGS与BSA-seq等方法，利用SNP和InDel两种分子标记进行关联分析，对可能与株高相关的基因组区段进行定位。结果显示，Δ（SNP-index）分子标记在Chr.7和Chr.10中分别关联到3.205和1.311 Mb大小的候选基因组区域。Δ（InDel-index）标记关联到的基因组区域大小分别为2.848和1.292 Mb，且全部包含于Δ（SNP-index）关联到的区间内。结合GO、KEGG、Uniprot、eggNOG等数据库中的功能注释、高质量多态性位点筛选以及已有的株高相关转录组数据，最终关联到Chr.7中的5个候选基因，包括功能和机理已知的OsTCP21。RT-qPCR结果显示，OsTCP21在高株和矮株中的表达差异与已有研究结果相一致，LOC＿Os07g05050和LOC＿Os07g02850在高株中表达量较高，LOC＿Os07g04220和LOC＿Os07g02770在矮株中表达量较高。这5个候选基因在水稻株高性状的调控中起重要的作用，OsTCP21是一个关键调控基因。

• 单位
  中国农业科学院; 中国农业科学院作物科学研究所; 广西壮族自治区农业科学院水稻研究所; 生命科学学院; 广西壮族自治区水牛研究所; 沈阳师范大学