水稻穗长全基因组关联分析

作者：吴心成; 桂金鑫; 刘瑫; 彭慧; 闫蕴韬; 何兮; 祝小雅; 张海清^*; 贺记外^*

来源：分子植物育种, 2023, 1-13.

• 水稻(Oryza sativa L.
• 穗长(PL)
• GWAS
• QTL
• 单倍型

穗长是影响水稻产量的重要性状，挖掘穗长QTL (基因)是水稻穗长遗传改良的基础。本研究以229份水稻微核心种质资源为研究材料，2018—2019年连续两年在湖南浏阳种植，成熟期测量穗长。结合其基因型，利用混合线性模型MLM进行穗长全基因组关联分析(GWAS)，并对定位到的穗长QTL进行候选基因分析。利用1 765份来自全球3000份水稻资源(3K水稻)资源分析候选基因单倍型，进一步确定其候选基因。GWAS共检测到23个与穗长相关的QTL，解释的表型变异率为7.3%-18.29%，其中qPL1-1、qPL1-3、qPL1-4、qPL2-1、qPL2-3、qPL3-1、qPL6-2和qPL7-1为新的位点，LOC＿Os01g10580、LOC＿Os01g71310、LOC＿Os02g34680和LOC＿Os03g03660为水稻穗长候选基因。本研究结果可为水稻穗长基因克隆提供新的位点，同时也为水稻穗长遗传改良提供优势单倍型。

• 单位
  湖南农业大学