褐飞虱EST资源的微卫星信息分析

作者：刘玉娣; 侯茂林

来源：昆虫学报, 2010, (03): 239-247.

DOI：10.16380/j.kcxb.2010.03.003

• 褐飞虱
• 生物信息学
• 表达序列标签
• EST-SSRs
• 查找标准
• 重复基元 Nilaparvata lugens
• bioinformatics
• EST
• search qualification
• repeat motif

表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)是开发微卫星标记的一个重要的资源。褐飞虱Nilaparvata lugens(Sta°l)EST序列的公布为开发EST-SSRs提供了宝贵的数据资源,本研究利用生物信息学对NCBI公共数据库中的37398条褐飞虱ESTs序列进行EST-SSRs特征分析,得到全长为7619.324kb的无冗余EST9852条。按照3个不同的查找标准在这些序列中搜索SSR。查找结果显示:褐飞虱EST-SSRs主要重复基元以1～3碱基为主,占总EST-SSR的95%以上。在单碱基重复基元中,A/T是占优势的重复基元,在二相重复类型中,AG/CT...

• 单位
  中国农业科学院植物保护研究所; 植物病虫害生物学国家重点实验室