全基因组数据分析工具TB Profiler v2.8.0、Mykrobe v0.7.0和PhyResSE v1.0在耐药结核病检测中的价值

作者：李冰莹; 郑旭彬; 胡屹; 徐飚^*

来源：中国防痨杂志, 2020, 42(11): 1196-1202.

• 分枝杆菌,结核
• 全基因组测序
• 诊断
• 抗药性

目的评估3种针对结核分枝杆菌开发的全基因组数据分析工具,即TB Profiler v2.8.0、Mykrobe v0.7.0和PhyResSE v1.0(简称"TB Profiler、Mykrobe和PhyResSE")在耐药结核病诊断中的性能。方法从美国国立生物技术信息中心核酸数据库(National Center for Biotechnology Information Sequence Read Archive,NCBI SRA)收集了先前2项研究所上传的534株中国结核分枝杆菌临床分离株的全基因组测序数据和表型药物敏感性试验(drug susceptibility testing,DST)结果,其中包括457株耐多药菌株和77株敏感菌株。使用TB Profiler、Mykrobe和PhyResSE对全基因组数据进行分析,检测一线和二线抗结核药品的耐药性,并将其与DST结果进行比较,评价这3种工具的检测效能。结果以DST结果为参照标准,TB Profiler、Mykrobe和PhyResSE检测利福平耐药的敏感度相近,分别为90.81%(415/457)、87.75%(401/457)和90.81%(415/457)。Mykrobe和PhyResSE检测异烟肼耐药的敏感度分别为76.42%(350/458)和76.20%(349/458),略高于TB Profiler(69.43%,318/458)。3种工具检测乙胺丁醇和链霉素耐药的敏感度相近,范围从76.00%到81.61%不等。对于吡嗪酰胺,TB Profiler的敏感度(72.82%,150/206)高于Mykrobe(61.65%,127/206)和PhyResSE(50.97%,105/206)。PhyResSE检测氟喹诺酮类和阿米卡星耐药的敏感度分别为88.27%(143/162)和60.00%(27/45),高于TB Profiler的81.48%(132/162)和48.89%(22/45)和Mykrobe的82.10%(133/162)和55.56%(25/45)。3种工具检测抗结核药品耐药的特异度相近并且均较高,除乙胺丁醇为82.42%～83.88%外,对其余药品的特异度均高于90%。结论 3种工具检测效能良好,可以快速检测抗结核药品耐药性,有良好的发展前景,但是目前对吡嗪酰胺和一些二线抗结核药品耐药检测的敏感度较低,需要加强耐药机制研究。