桃儿七叶绿体比较基因组学分析

作者：马录花; 宁佳奇; 王永杰; 赵敏; 李以康; 周华坤

来源：生物工程学报, 2022, 38(10): 3695-3712.

DOI：10.13345/j.cjb.220386

• 桃儿七
• 叶绿体基因组
• 结构特征
• 系统发育分析

为探究桃儿七(Sinopodophyllum hexandrum)不同叶绿体基因组特征,本研究以桃儿七5个叶绿体基因组为研究对象,借助生物信息学工具进行基因组图谱构建、重复序列分析、密码子偏好分析、反向重复序列区(inverted repeat, IR)/单拷贝区(single-copy, SC)边界分析、基因组序列比较分析及系统发育分析。结果表明:桃儿七5个叶绿体基因组全长为157 203–157 940 bp,为典型的叶绿体四分体结构,共注释出133–137个基因,说明桃儿七叶绿体基因组具有多样性。桃儿七不同叶绿体基因组简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)位点不同,单核苷酸A/T占主要优势,散在重复序列包括正向重复、回文重复和反向重复3类。密码子偏好分析显示有效密码子(effective number of codon,ENc)值为51.14–51.17,密码子偏好性弱,GC与GC3s所占比例小于50%,密码子偏向使用A和U碱基并且以A和U碱基结尾。桃儿七5个叶绿体基因组IR/SC边界和基因组序列均比较保守。系统发育分析结果表明桃儿七和北美桃儿七亲缘关系最近。本研究获取了桃儿七5个叶绿体基因组信息与进化关系,为桃儿七资源开发利用与保护、品种鉴定和遗传进化研究奠定了科学基础。

• 单位
  中国科学院大学; 青海民族大学; 中国科学院西北高原生物研究所