基于生物信息学筛选肝细胞癌年轻患者特有关键枢纽基因及其临床意义

作者：连旭; 孙唯秀; 韩崇旭^*

来源：中国肿瘤生物治疗杂志, 2020, 27(02): 161-169.

• 年轻
• 肝细胞癌
• 生物信息学分析
• 枢纽基因
• GSE45267

目的:运用生物信息学方法筛选年轻肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者特有的关键枢纽基因(Hub gene),并探索其生物学和临床意义。方法:从GEO芯片数据集GSE45267获取年轻(确诊HCC时年龄≤40岁)和年老(确诊HCC时年龄>40岁)组的HCC组织及正常肝组织数据信息,通过GEO2R和Venn图工具筛选两组的HCC组织相对正常肝组织差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),运用STRING和Cytoscape软件构建年轻组特有差异表达基因的蛋白互作网络并筛选关键Hub基因及显著模块。利用GEPIA数据库对关键基因进行验证,并通过Kaplan–Meier分析相关HCC患者总生存期。最后应用DAVID对年轻组特有基因及年轻与年老组共有DEGs进行GO富集分析和KEGG通路分析比较。结果:筛选出年轻组特有117个上调、179个下调DEGs,构建PPI网络选取出10个连接度最高的基因为Hub基因,其中7个Hub基因集中于第一模块。GEPIA验证与Kaplan–Meier生存分析提示TYMS、CDC6、BUB1、TPX2、OIP5、KIF23等6个表达上调的Hub基因可能与年轻HCC癌患者的不良预后相关。功能富集分析显示年轻HCC特有DEGs主要参与ATP结合等生物学过程,并主要富集到了细胞周期S期;年轻与年老组共有DEGs主要参与环氧酶P450、细胞分裂等生物学过程,并主要富集到细胞周期G2/M期。结论:本研究鉴定出6个在年轻HCC患者肿瘤组织中特有的显著上调且提示预后不良的Hub基因,可能成为年轻HCC患者潜在的治疗和预后预测靶点。

• 单位
  大连医科大学; 江苏省苏北人民医院; 扬州大学