2015年昆明市柯萨奇病毒A16型VP1区基因特征分析

作者：文婕; 王鹏飞; 李秀芳; 曹霞

来源：中华疾病控制杂志, 2018, 22(06): 607-612.

DOI：10.16462/j.cnki.zhjbkz.2018.06.016

• 手足口病
• 柯萨奇病毒A16型
• VP1区
• 基因特征
• 系统进化分析

目的研究昆明市2015-2016年手足口病患儿肠道病毒分子流行病学及探讨柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CVA16)VP1基因遗传变异与其时间和空间分布模式的相关性。方法采集患儿的咽拭子和肛拭子样本,采用逆转录聚合酶链式反应分子鉴定法分别扩增肠道病毒71型和CVA16的VP1基因全长,随机选取2015年9份CVA16阳性样本进行测序并与数据库参考株构建系统进化树。对不同年份来源的CVA16病毒株间遗传距离与分离年份时间进行相关性和回归分析,并分析不同地理群体间的遗传距离与地理距离的相关性(Mantel检测)。结果采样年度中大多数患儿为CVA16感染(咽拭子和肛拭子检出率分别为29.41%和15.69%),其与肠道病毒71型感染的比率分别为2.5∶1和2.0∶1。VP1基因系统进化分析显示9株CVA16昆明分离株均属于B基因型B1b亚型,且进一步划分成两个亚簇;种系进化及统计学分析显示VP1基因变异与时间推移和地理距离均具有正相关关系(均有P<0.05)。结论 2015年昆明市9株CVA16分离株为新生成的变异毒株,提示CVA16在昆明存在一定的地域流行特点。

• 单位
  昆明市妇幼保健院; 中心实验室; 昆明医科大学第二附属医院