珠海市不同时期新型冠状病毒基因组测序及溯源分析

作者：龙冬玲^*; 黄辉涛; 魏泉德; 黄文燕

来源：中国人兽共患病学报, 2021, 37(11): 1003-1007.

• 全基因组测序
• 新型冠状病毒
• 溯源

目的对珠海市4例不同时期新型冠状肺炎确证病例的呼吸道标本进行三代测序,获得新型冠状病毒全基因组序列,分析基因组突变及分子溯源情况。方法采用nanopore三代高通量测序技术对呼吸道标本中的新型冠状病毒基因组测序,基于artic流程组装病毒基因组序列,运用生物信息学软件分析病毒全基因组序列与参考序列的一致性与进化情况。结果 4份样本均可获得28 298～29 819 bp长度的基因组序列数,基因组覆盖度94.6%～99.7%,共检出46个碱基位点突变、涉及27处氨基酸变异,非同义突变占比58.7%(27/46),非同义突变中以ORF1ab基因占比最高44.44%(12/27)。系统发育树显示,4份样本分属于B(Zhuhai/ZQ202001/2020)、B.1.36(Zhuhai/YZQ202011/2020)、B.1.1.63(Zhuhai/ZHG9671/2020和Zhuhai/P0717001/2020)进化分支,Zhuhai/ZQ202001/2020与武汉早期输入密切相关,Zhuhai/YZQ202011/2020、Zhuhai/P0717001/2020、Zhuhai/ZHG9671/2020与同时期香港新冠肺炎病例基因组序列相似性最高,与其流行病学调查结果一致。结论 4例珠海市新型冠状肺炎确证病例均为输入病例,不存在本地感染,核苷酸位点变异存在多态性。三代测序技术可有效用于原始样本中新型冠状病毒基因组序列的溯源分析,在地市级疾控应用前景较好。

• 单位
  珠海市疾病预防控制中心