基于GEO数据库芯片筛选冠心病标志物及生物信息学分析

作者：李雪; 冯彦超; 牟华明^*; 乐暾

来源：中西医结合心脑血管病杂志, 2021, 19(20): 3460-3464.

• 冠心病
• 基因
• 标志物
• GEO数据库芯片
• 生物信息学分析

目的筛选冠心病病人基因芯片数据并进行生物信息学分析,以期筛选冠心病的特征基因。方法利用GEO数据库筛选冠心病基因集,经过GEO数据库的GEO2R在线分析工具找出符合条件的基因,绘制Venn图寻找共同表达差异基因,再进行GEO富集可视化分析、基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析及蛋白-蛋白相互作用(PPI)可视化分析。结果冠心病的3个基因集中找到50个共同表达差异基因及3个特异基因(IL3ST、PIAS2及SOCS1)。结论经过对GEO数据库中冠心病的3个基因集行Venn图绘制、GEO富集可视化分析、KEGG通路分析及PPI可视化分析,3个特异基因符合研究条件,进而实现冠心病的早期诊断及特异性的靶向治疗。

• 单位
  川北医学院; 重庆大学