牙龈卟啉单胞菌外膜囊泡差异表达mRNA的生物信息学分析

作者：阮毅; 艾俊; 江春; 招洛丹; 夏昕; 刘墨^*

来源：中华口腔医学研究杂志(电子版), 2021, 15(03): 135-141.

DOI：10.3877/cma.j.issn.1674-1366.2021.03.002

• 牙龈卟啉单胞菌
• 外膜囊泡
• 高通量筛选
• 双组分信号转导系统

目的探讨牙龈卟啉单胞菌(P.gingivalis)W83与ATCC33277外膜囊泡mRNA表达谱的差异。方法超速离心法分离W83和ATCC33277来源的外膜囊泡,进行粒径检测、电镜及Western blot鉴定;高通量测序检测W83和ATCC33277外膜囊泡mRNA表达谱,筛选差异表达的mRNA,进行基因本体论(GO)注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果牙龈卟啉单胞菌W83和ATCC33277分离的外膜囊泡符合囊泡特征;W83外膜囊泡中鉴定出1629个mRNA,ATCC33277外膜囊泡中鉴定出1505个mRNA,差异表达的mRNA共594个。差异具有统计学意义的mRNA参与的途径包括生物膜形成-霍乱弧菌(P=0.011)、核糖体(P=0.015)和细菌双组分调节系统(P=0.026)。结论牙龈卟啉单胞菌W83与ATCC33277外膜囊泡mRNA表达存在差异。

• 单位
  中山大学孙逸仙纪念医院