肠杆菌及临近种属的多位点序列分析

作者：张德著; 米飞; 万永虎; 向婧姝; 周倩; 周藜; 杨桃梅^*

来源：现代预防医学, 2019, 46(21): 3949-3955.

• 肠杆菌属
• MLSA
• 16S rDNA
• 系统发育分析

目的为建立适宜的分子分型方法,以弥补16S rDNA在肠杆菌种属聚类分析上的不足,为后续类似菌株鉴定提供参考。方法以肠杆菌属内各个种的模式菌株为研究对象,选择16S rDNA及rpoB、infB、gyrB和atpD基因序列,采用CLUSTALX软件和BioEdit软件进行序列比对和拼接;16S rDNA的相似性通过EzBioCloud数据库在线比对,拼接后的序列经MegAlign软件分析相似性;采用MEGA 7.0软件对序列多态性及系统发育关系进行分析。结果肠杆菌属部分种间的16S rDNA序列高度相似(>99%),且与Lelliottia、Klebsiella及Kosakonia等属的部分种也有98%以上的相似性,其系统发育树的聚类分析显示属内成员并没有完全聚于一簇;16S rDNA序列的变异位点占比为6.44%(74/1 149),rpoB、infB、gyrB和atpD基因串联后的变异位点占比为14.44%(380/2 630)。结论在16S rDNA高度同源的部分种属间,多位点序列分析较清晰地将肠杆菌属与其临近种属区分开,更能真实、准确地反映其生物分类学地位。

• 单位
  昆明医科大学; 贵州省疾病预防控制中心