肾纤维化相关关键候选基因的生物信息学筛选

作者：杨洁珂; 李健春; 林晓; 王人可; 樊均明; 王丽^*

来源：成都医学院学报, 2021, 16(06): 773-779.

• 单侧输尿管梗阻
• 肾纤维化
• 生物信息学
• 差异表达基因

目的基于生物信息学方法分析肾纤维化小鼠模型的转录组测序数据并加以体内验证,寻找关键候选基因。方法从GEO数据库下载转录组数据,挖掘单侧输尿管梗阻(UUO)2 d和UUO 8 d模型组中差异表达明显的基因,利用R软件包对筛选出的差异表达基因进行基因功能富集分析;采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法构建共表达模块,并对基因进行Cytoscape可视化分析,制作蛋白相互作用网络图(PPI);对中枢基因结合文献和功能分析,筛选出与肾纤维化进程相关度较大的基因行Real-time PCR mRNA水平检测,采用蛋白质印迹技术、免疫组织化学进行蛋白水平分析。结果筛选出从急性肾损伤(AKI)进展至慢性肾脏病(CKD)病程中差异表达的1 503个基因,基因集富集分析(GSEA)结果显示,这些基因主要富集在上皮细胞转分化与炎症应答信号通路等;通过WGCNA构建的4个基因共表达模块,筛选出与肾纤维化关系密切的20种中枢基因,从中挑选出的6个核心基因验证结果显示,RELB、υCAM1和Pdlim1 3种基因随着肾纤维化程度的加重,表达水平均明显上调(P<0.05)。结论 RELB、υCAM1和Pdlim1可作为肾纤维化相关关键候选基因,为寻找CKD的早期诊断和治疗靶标提供新线索。

• 单位
  成都医学院; 西南医科大学