本发明提供了一种融合碳水化合物结合模块的几丁质酶及其制备方法与应用,属于生物工程技术领域。所述的融合碳水化合物结合模块的几丁质酶,包括将带有连接肽的碳水化合物结合模块与几丁质酶Chit46的C端串联构成的融合几丁质酶。本发明首次成功将融合了CBM的几丁质酶Chit46-CBM3、Chit46-CBM6和Chit46-CBM26应用于虾壳废弃物回收。融合了CBM后,虾壳中的几丁质能够直接被融合几丁质酶水解,避免了传统工艺中强碱试剂的使用以及复杂的预处理步骤。