PPI基因对在癌症中的共表达分析

作者：蒙裕欢; 白云梦; 崔莹; 杜红丽^*

来源：华南理工大学学报(自然科学版), 2019, 47(11): 78-88.

• 癌症
• TCGA
• 蛋白质-蛋白质相互作用
• 基因共表达

蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)可通过基因表达量之间的相关系数来反映.研究癌细胞或组织中全局的PPI,有利于了解基因型和表型之间的关系,更好地发掘正常与异常细胞或组织之间的癌症发生发展机制.文中利用TCGA数据库中11种癌症5 726个样本的mRNA表达数据和临床信息,结合STRING和HPRD数据库中的PPI基因对,使用皮尔逊相关系数计算癌症组织特异PPI基因对在正常样本和癌症不同时期样本的相关系数,筛选得到癌症紊乱及癌症特异的PPI基因对.通过基因差异表达与生存分析,得到可能影响癌症发生发展的关键PPI基因对.结果表明:PPI基因对在癌症样本中的相关性要显著低于正常样本.癌症紊乱PPI基因对有2 812对,其中LRSAM1、ATXN1、SMARCC2与SMARCA2等基因出现在多个癌症中并通过相互作用聚类成网络模块,可能在癌症中发挥重要作用;癌症特异PPI基因对有31对,其中BMP1与COL1A1在癌症中的相互作用很可能促进癌细胞的迁移和浸润转移,对癌症产生、发展产生重要的影响.此外,在癌症紊乱及特异中筛选了113对具有差异表达的PPI基因对,其中有16对显著差异PPI基因对在7个癌症中具有生存显著差异.

• 单位
  华南理工大学