高低危型HPVE7的分析以及58型E7结构与结合位点预测

作者：李亮; 马岚

来源：云南大学学报(自然科学版), 2013, S1: 303-310.

• 人类乳头状瘤病毒
• E7蛋白
• 生物信息
• 结构预测
• 结合位点预测 Human papilloma virus
• E7 protein
• bioinformatics
• structure prediction
• binding site prediction

对18种HPV E7蛋白进行生物信息学分析,同时对HPV58 E7进行结构以及可结合位点的预测.从NCBI数据库中获取蛋白序列,通过ExPASy Protpacam进行生物信息分析,Clustal W进行多序列比对,MEGA软件构建进化树,利用Zhang lab QUARK以及Q—SiteFinder能量依赖的检测对HPV58 E7进行结构预测与结合位点预测.得到了E7生物信息,多序列比对数据,构建成进化树,获得HPV58 E7蛋白结构,并且找到pRb与E7结合的三维位点.不同类型HPV E7蛋白存在进化差异,得到的HPV58型结构以及与pRb的可以结合位点,为抑制HPV58 E7蛋白功能的相关实验提供了理论依据.

• 单位
  清华大学深圳研究生院