科研之友
微信
新浪微博
Facebook
分享链接
摘要
目的 探讨N6甲基腺苷(m6A)甲基化修饰相关的长链非编码RNA(lncRNA)在黑色素瘤预后中的作用以及可能的机制。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载黑色素瘤患者的测序和临床数据并进行整合，利用皮尔逊相关系数分析获得与m6A甲基化修饰酶相关的lncRNA，并基于这些lncRNA在肿瘤患者中的表达通过一致性聚类分析确定黑色素瘤患者的不同分子亚型，进一步分析患者亚型之间肿瘤微环境的差异分布，筛选存在预后价值的lncRNA并进行基因评分(gene score=∑PC1i+∑PC2i)，进而分析高/低评分患者之间的差异表达基因与分子通路。结果 通过获取的468例黑色素瘤患者的基因测序结果和临床数据，筛选出453个与m6A甲基化修饰酶相关的lncRNA，并基于这些lncRNA在肿瘤患者中确定出两种分子亚型—cluster1与clueter2，其中cluster1的预后明显差于cluster2(P<0.001)，而且亚型之间的肿瘤微环境存在明显差异，其中M2型巨噬细胞和滤泡辅助性T细胞在cluster1中表达明显高于cluster2(P<0.05)，而静息性NK杀伤细胞、激活的记忆CD4T细胞及M1型巨噬细胞在cluster1中表达明显低于cluster2(P<0.05)。同时获得85个存在预测预后价值的m6A-lncRNA(P<0.05)，基因评分高的情况下黑色素瘤患者预后更佳，且高评分患者中的浸润性免疫细胞更为活跃，对于应用PD1与CTLA4免疫抑制剂治疗的应答率更高，此外，高/低评分患者间存在大量差异表达基因，并富集在T细胞激活等免疫细胞调控通路。结论 本研究显示m6A甲基转移酶相关lncRNAs与黑色素瘤的预后密切相关，m6A-lncRNAs可能在黑色素瘤肿瘤微环境分布中发挥着一定的调控功能，并可有效预测其对PD1与CTLA4免疫抑制剂治疗反应。
- 单位
