LEPREL1是特发性肺纤维化的潜在治疗靶点

作者：凡志婷; 唐宇龙; 陈雅慧; 孔祥贞; 杨婧漪; 王久存^*; 姜帅^*

来源：复旦学报(自然科学版), 2023, 1-12.

DOI：10.15943/j.cnki.fdxb-jns.20230421.002

• 生物信息学
• 特发性肺纤维化
• LEPREL1

分析特发性肺纤维化(IPF)的基因芯片数据,寻找潜在靶点,通过数据和实验进行验证并探索其影响的潜在通路。GEO获取基因芯片数据,R分析差异表达基因和通路。STRING和Cytoscape筛选HUB基因(关键基因)。RNA-Seq和单细胞数据验证,肺纤维化小鼠实验验证,筛选具有相关性的基因,分析潜在通路。结果:基因芯片数据集GSE10667、GSE53845、GSE48149共116例样本,差异基因132,富集在细胞外基质、胶原等通路。STRING和Cytoscape筛选HUB基因,主要为COL1A1、CXCL12、LEPREL1等基因,其中LEPREL1表达显著下调(GSE10667,Padj=0.00096;GSE53845,Padj=0.0001048;GSE48149,Padj=0.01517),但机制亟待研究。LEPREL1在RNA-Seq数据集GSE92592 (Padj=0.0288)、GSE83717(Padj=0.006268)、GSE150910 (Padj=1.9528E-30)中均显著下调;在单细胞数据(GSE135893)中主要在AT2细胞中表达并有下调趋势;在肺纤维化小鼠的RT-qPCR和IHC中也表达显著下调。差异表达基因中有81个与LEPREL1具相关性的基因,主要与细胞黏附、钙离子、胶原形成、Wnt等相关。IPF的差异基因主要富集在胶原和细胞外基质通路,且AT2细胞中下调的LEPREL1可能是其潜在治疗靶点。

• 单位
  上海市浦东医院; 生命科学学院; 复旦大学