EB病毒相关伯基特淋巴瘤差异基因表达分析

作者：郑雨薇; 肖华; 王维文; 刘雯^*

来源：青岛大学学报(医学版), 2019, 55(04): 423-433.

• 疱疹病毒4型
• 伯基特淋巴瘤
• 基因表达
• 生物信息学

目的从分子层面分析EB病毒(EBV)相关伯基特淋巴瘤(BL)的差异表达基因(DEGs),为其诊疗提供新的思路。方法从美国国立生物技术信息中心(NCBI)获取EBV阳性与阴性BL相关基因芯片数据集GSE100458。通过morpheus筛选出DEGs,分别将上调和下调基因输入Database for Annotation Visualizationand Integrated Discovery(DAVID)数据库,进行GO分析;进一步采用cytoscape筛选出10个TOP基因,实时荧光定量PCR方法验证其在EBV阳性与阴性BL细胞系中表达情况。结果分析EBV阳性和EBV阴性的BL细胞系的前400个DEGs,包括200个上调基因和200个下调基因,上调基因主要集中在生长因子活性通路、肝素结合通路、细胞外间隙通路;下调基因主要集中在伽马微管蛋白结合通路、内质网膜通路、逆行性小囊泡运输通路。对DEGs进行蛋白质相互作用分析后,筛选出核心基因乙酰辅酶A羧化酶β(ACACB)等10个基因。实时荧光定量PCR检测结果显示,在EBV阳性与阴性BL组间,CDH1、PRPF19、UBE2N、F2、H6PD、VEGFA、YARS共7个基因的转录表达差异有统计学意义(t=3.878～32.601,P<0.05),ACACB、CTTN、IGF1共3个基因表达差异无统计学意义(P>0.05)。结论 EBV感染可导致宿主细胞基因表达谱的改变,生物信息学分析法可初步筛选出DEGs和相互作用的蛋白,为进一步深入研究提供有价值的信息和思路。

• 单位
  青岛大学; 基础医学院