一株2013年云南省Ⅲ型疫苗相关脊髓灰质炎病毒全基因组分析

作者：刘红波; 张捷; 赵义林; 张海浩; 张名; 黄小琴; 孙浩; 杨昭庆; 马绍辉^*

来源：中国病毒病杂志, 2019, 9(03): 195-201.

DOI：10.16505/j.2095-0136.2019.0024

• 疫苗相关脊髓灰质炎病毒
• 进化分析
• 遗传特性

目的分析一株疫苗相关脊髓灰质炎病毒(vaccine-related poliovirus,VRPV)云南分离株R1351/YN/CHN/2013的全基因组序列和遗传特性。方法采用RD细胞分离获得病毒,提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增全基因组序列并测序。利用BioEdit 7.09、MEGA7.0、SimPlot3.5.1等软件对全基因序列进行分析。结果 R1351/YN/CHN/2013全基因序列由7 430个核苷酸构成,编码含2 206个氨基酸残基的多聚蛋白,5′UTR和3′UTR核苷酸长分别为742 nt和70 nt;与Sabin3疫苗株全基因核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为99.7%和99.6%;在5′UTR的减毒位点(nt472)发生回复突变,在VP3减毒位点(nt2034)未发生改变;与Sabin3疫苗株的VP1序列比对,共发生3个碱基突变,变异率为0.33%。进化分析显示73株Ⅲ型脊髓灰质炎病毒株分为A、B和C三个分支,R1351/YN/CHN/2013属于C分支,Sabin1/2疫苗株独立形成两个分支。重组分析表明R1351/YN/CHN/2013基因组各区域并未与Sabin1/2疫苗株及其他肠道病毒发生重组。结论 R1351/YN/CHN/2013为Ⅲ型VRPV,并且在减毒位点nt472处发生了回复突变。

• 单位
  中国医学科学院医学生物学研究所