酿酒酵母是生物乙醇领域应用和研究的常用菌。综述了酿酒酵母基因组序列比较在提高基因功能注释准确性、发现不同菌株间分子结构变异、提供遗传育种潜在靶标基因等的相关研究，以及揭示酵母种间遗传进化关系，探究基因型与表型之间关联的研究进展。探讨了面向生物乙醇生产的酵母遗传育种，以满足工业生产需求。展望了随着测序菌株数量增多，酿酒酵母基因组的资源挖掘、重要价值和研究前景。
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