普通烟草CCCH类锌指蛋白家族的全基因组鉴定和表达分析

作者：唐春闺; 邓兆龙; 刘琼; 金维环; 向世鹏; 谢鹏飞; 郭红祥; 刘卫群^*

来源：河南农业科学, 2022, 51(04): 48-58.

DOI：10.15933/j.cnki.1004-3268.2022.04.006

• 烟草
• CCCH类锌指蛋白基因家族
• NtC3H-39
• 胁迫应答
• 生物信息学

为了解烟草CCCH类锌指蛋白家族特性，利用拟南芥CCCH类锌指蛋白结构域比对烟草基因组数据库，共鉴定到86个CCCH类锌指蛋白基因家族成员，并对其进行蛋白质理化性质、系统进化、染色体分布、基序、启动子顺式作用元件、基因表达模式分析以及对激素的响应分析。结果显示，烟草CCCH类锌指蛋白家族86个基因中37个成员分布在17条不同的染色体上；基序分析显示，该家族所有成员均含有C-X7/8-C-X5-C3-H基序，除此之外，在烟草中也发现了一些新的CCCH基序，如C-X6-C-X4-C-X3-H等；系统进化树显示，86个CCCH类锌指蛋白中的51个成员分为9个亚家族；启动子分析表明，NtC3H-39基因含有多个应激响应元件和激素响应元件。基因表达模式和激素响应分析表明，NtC3H-39具有明显的组织表达特异性，并对激素和干旱胁迫具有明显响应。

• 单位
  生命科学学院; 河南农业大学; 湖南省烟草公司长沙市公司